Prví obyvatelia sa usadili na ostrovoch Lipari a Salina 4000 rokov pred Kristom. Dôvodom bol mimoriadne nálezisko obsidianov- tzv. čierneho sopečného skla.
Čierne sklo chrlilo z vrcholca PELATO na severovýchodnej časti Lipari. Po tom, ako sopka vyhasla, vytvorila sa hora pemzy, ktorá do nedávnej minulosti zabezpečovala prácu pre mnohých ostrovanov.
Pokiaľ človek nevedel opracovať kov, obsidián (zriedka sa nachádzajúci len na niektorých miestach v Stredomorí), bol vyvážaný z Lipari. Veľké množstvo sa dostalo na Sicíliu, južné Taliansko až po Ligurské pobrežie a Dalmáciu. Obchod priniesol ostrovu mimoriadnu prosperitu. Ostrovy patrili medzi najzaľudnatejšie v tomto období.
O tisíc rokov neskôr, asi 3000 rokov p. n. l., keď bol trh obsidiánu na vrchole, začali sa zaľudňovať aj menšie ostrovy liparského súostrovia. V tomto období prichádzajú prví ľudia zo Sicílie a usádzajú sa na úrodnú vysočinu, vhodnú pre poľnohospodárstvo a chov dobytka. Noví obyvatelia sa usádzajú aj na miestach s lepším výhľadom na prístav - dnešný hrad, a v čase pokoja sa sťahujú do nížiny k blízkosti mora, kde zakladajú nové mesto.

Po niekoľkých storočiach silného ekonomického vzrastu a populácie zažívajú Liparské ostrovy ďalšiu dobu rozkvetu, keď prichádzajú na ostrovy noví obyvatelia z Grécka.
Ľudí eolskej rasy nahrádzajú asi v roku 1430 pred Kristom noví obyvatelia pochádzajúci z neďalekého pobrežia Sicílie. Prinášajú novú kultúru a zakladajú dedinu na ostrove Panarea, pomenovanú Capo Milazzese.
Okolo roku 900 pred n. l. je rozkvet ostrova zničený a viac než na tri storočia zostáva opustený. V druhej polovici 8 stor. pred. n. l. prichádza na južné Taliansko, Sicíliu a Lipari grécka kolonizácia.
Ďalší ekonomicky prínos pre súostrovie nastáva v dobe bronzovej, a to vďaka ťažbe kamenca, ktorý sa ťažil na ostrove Vulcano. Lipari neskôr vytvára z tejto ťažby monopol. Rovnako medzi obľúbené a vyhľadávané patrili aj termálne vody na ostrovoch Vulcano a Lipari v imperiálnom Ríme.
V roku 839 bola Lipari po vpáde Moslimov napadnutá a zničená. Obyvateľstvo bolo zmasakrované a veľká časť deportovaná do vyhnanstva. Ostrov zostáva na niekoľko storočí takmer úplne opustený. A to až do dobytia Sicílie Normanmi, keď v roku 1083 prichádza na Lipari abat Amros so skupinou benediktských mníchov Okolie kláštora sa vracia do formy mestského jadra.
V roku 1340 sa kráľ Róbert I. z Neapola zmocní ostrova a v roku 1540 korzár Ariadeno Barbarossa (pirát) odvlečie celé obyvateľstvo do otroctva.
Lipari bola neskôr prestavaná a zabývaná Karlom V.- kráľom dvoch Sicílií.